造成稽留流产的原因有多种，常见的包括遗传原因，比如夫妻双方存在染色体异常，或者夫妻双方的染色体正常，但是本次妊娠孕囊的染色体异常，也可能会导致稽留流产。还有一种原因是内分泌异常，包括女性甲状腺功能异常、甲状腺功能亢进、甲状腺功能减低，也可能导致稽留流产。
女性的高凝状态、血栓前状态会影响到孕囊的血运，也可能出现稽留流产。还有女性解剖异常，比如子宫内膜有息肉或者有宫腔粘连，或者有子宫肌瘤等异常，也可能影响到胚胎，造成稽留流产。
还有一些因素是免疫性因素，或者其他因素，多种原因均可以导致稽留流产。还有流产进行详细的病因筛查后，不一定能找到明确原因，称为不明原因的稽留流产，这种情况在临床上也并不少见。
