100天孩子不明原因的哭闹，可能是以下原因：

1、肠痉挛：100天的孩子主要是乳类喂养，尤其是在小婴儿期，存在乳糖不耐受或牛奶蛋白过敏的孩子，在白天时可能出现肠绞痛、消化不良等症状。此时孩子表现为不明原因的哭闹，实际上与之前的消化不良有关，应以肚脐为中心、顺时针方向给孩子做抚触，能够缓解肠绞痛，此时应观察孩子是否有腹胀、腹泻等情况；

2、神经发育的问题：孩子在3个月时神经发育仍未完善，神经发育传导较慢，所以受到外界环境影响后，孩子的反应也比较慢，所以当孩子夜间感到不适时可能会出现哭闹的情况，与神经发育有关。随孩子年龄的增长，神经发育逐渐完善，这种情况会逐渐好转；

3、维生素D或维生素的缺乏：孩子正常的生长发育，需要充足的维生素和微量元素，如果维生素D或者B族维生素补充不足，孩子便会出现不明原因的哭闹，与孩子的神经发育间接相关。

另外，100天的孩子如果出现不明原因的哭闹，应及时就诊、查明原因，才能对因治疗。