小便出现刺痛且尿不尽，常见问题是泌尿系统感染，尤其是下尿路感染，患者会出现排尿的刺激症状。对于下尿路感染，主要治疗是抗菌素治疗，根据尿培养结果选择敏感抗生素。临床上目前推荐的抗菌素包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹诺酮类、第二代和第三代头孢菌素。除此之外对于症状的控制，还可以应用黄酮哌酯类的药物或M受体阻滞剂，必要时应用碳酸氢钠碱化尿液，也都能起到减轻症状的目的。
如果经治疗症状改善不明显或出现进行性加重，就要考虑存在有特异性感染的可能。特异性感染常见泌尿系统结核，对结核则需要进行抗结核药物治疗，目前通常采用的药物是利福平、雷米封、吡嗪酰胺等药物，一般三联或者四联用药，必要时行手术治疗。
除此之外要考虑其他问题引起的小便刺痛以及尿不尽的症状，如男性生殖系统疾病，主要治疗是以抗生素治疗为主。其他少见的情况是结石，需要在影像学诊断清楚以后，以手术治疗为主。
