早上起床肾疼考虑两方面的问题，一个方面是运动系统疾病，另一个方面就是肾脏疾病，注意找到原因，进行相应的治疗。具体情况如下：
1、运动系统疾病：早上起床肾疼通常认为这是肾区的疼痛。肾区的疼痛一般要考虑运动系统的原因，如病人是否有肌肉、关节、筋膜的问题等。这时可以给病人做核磁共振检查，帮助判断腰痛的原因。找到原因后给相应的治疗，比如应用止疼、活血的治疗，甚至会要求病人手术治疗等。经过积极治疗以后，病人肾区的疼痛便可以减轻或者消除；
2、肾脏疾病：肾脏本身的问题包括病人有肾盂肾炎，肾盂肾炎时早上会有疼痛，特别是慢性肾盂肾炎时，比如早上起床病人会感觉到疼痛，这时一般会要求病人做尿常规和尿培养检查，还可以抽血查血常规来帮助判断是否有肾盂肾炎。还有肾结石，早上起床体位改变以后结石会移动，结石移动的过程中会让病人感觉到疼痛。所以这时如果早上起来有肾区疼痛、有腰痛，通常会要求病人进行肾脏的超声和肾脏CT检查，帮助判断是否有肾脏的问题。如果有这种问题，给予其相应的治疗，病人的疼痛就可以缓解。
