益生菌在某种程度上能够治疗便秘，但便秘的症状仅靠益生菌可能难以起到明显的效果。因为便秘的发生机制比较复杂，目前为止从医学的角度对于便秘发生的机制尚未明确，与多种因素有关，如与肠道动力、内脏的高敏感、大脑的神经功能紊乱、肠道微生态环境存在轻度的炎症、肠道菌群的紊乱等。
益生菌可以对肠道菌群的紊乱起到比较好的调节作用，可以改善肠道微生态，但对于其他原因导致的便秘，益生菌的作用范围以及强度比较有限，所以仅靠益生菌治疗便秘，可能效果不佳。但益生菌最大的好处在于几乎没有副作用，可以相对长时间的使用，建议便秘的病人经常服用益生菌，并结合其他手段共同治疗便秘。
