由于肝内胆管结石的梗阻以及结石诱发局部炎症刺激，导致结石远端胆管刺激性增生及纤维化，胆管刺激性增生时，导致伴行供养血管挤压，影响正常肝组织血供。另外，由于炎症性刺激，使胆汁排泄障碍，导致正常肝组织代谢障碍，正常肝组织逐渐萎缩，严重者导致胆汁淤积性肝硬化。更严重的反复炎症刺激后，萎缩肝脏导致肝内胆管癌。

因此，有肝内胆管结石合并肝萎缩患者，应积极处理，并且将肝萎缩部分肝组织作为病灶处理。