做胃镜能查出幽门螺杆菌，就是做胃镜时可以取活检，通过组织学的检测，或者加免疫组化的染色，然后看是否有幽门螺杆菌的存在。过去还有快速尿素酶试验，取一块组织出来，放到试剂里也可以检测。

现在很多地方在做胃镜时，不查也能完全确认，因为现在碳13吹气的方法查幽门螺杆菌更为准确，而且没有创伤，是较准确、有效、快速的一个办法，所以现在大部分用这个方法来替代查幽门螺杆菌。

还有一种就是在胃镜下，可以看到胃黏膜的表现，现在很多科学家总结出来有特征性的表现，比如胃黏膜明显的发红、肿胀、糜烂，还有特殊的增生性息肉，能提示胃黏膜有幽门螺杆菌感染。当然这些只是提示作用，不能作为直接确诊的依据。

要直接确诊幽门螺杆菌感染，目前最为推荐的还是呼气试验，即碳13呼气试验的办法，这种方法目前是诊断幽门螺杆菌感染最准确、最直接的一种方法，比较推荐。

而在胃镜下取得活检，活检以后在病理科，有时也会根据看到的征象去推断是否有幽门螺杆菌感染。