鼻咽囊肿不治疗也不会恶变，出现鼻咽部囊肿，有些患者没有任何症状，如鼻塞、鼻涕、鼻咽部异物感，仅仅是在做鼻腔镜检查的时候偶然发现。
患者可以暂时观察3-6个月，做电子鼻咽镜复查，看囊肿局部的黏膜有没有变化，囊肿有没有长大，或者是周围的组织有没有出血等。如果一直保持比较平稳的状态，可以不做手术，定期随访观察即可。患者不舒服时可以使用鼻腔喷剂、口服药物，使症状得到缓解。
如果囊肿逐渐长大，产生了症状，比如鼻塞、鼻涕带血，或者是有鼻咽部的异物感，就要进行手术切除。切除之后要送病理，在显微镜下观察病变的性质，一般术后一周可以拿到病理报告。鼻咽部囊肿的患者手术切除后有一定的复发风险，主要由囊肿病变的性质决定。
