胃底腺息肉的治疗，要根据其大小决定。较大的胃底腺息肉，建议要胃镜下进行切除，不需要手术切除，较小的息肉如0.2cm、0.3cm、0.5cm的小息肉，部分患者甚至很多，通常不一定需要处理。胃底腺息肉属于良性病变，其恶变的可能性很小，通常情况不需要特殊处理，进行观察、随访、随诊即可。
部分患者的胃底腺息肉，与长期服用质子泵抑制剂有关，包括奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等，属于在胃病当中较常用抑制胃酸的药物。药物抑制胃酸的作用非常强，会导致胃底腺出现反馈性增生，形成胃底腺息肉，需要进行定期观察、随访，可不用进行治疗，因为它恶变的可能性非常小。
