全麻即全身麻醉，半麻醉即半身麻醉。做肛瘘手术可以全身麻醉，也可以半身麻醉或者是局部麻醉。局部麻醉是在手术部位进行局麻浸润，再进行手术操作，维持手术中患者不痛。但是局部麻醉也存在阻滞不全等缺陷，可能给部分患者造成其它不适。
患者此时可以进行椎管麻醉，即半身麻醉，其中腰麻可以使用麻醉药注入蛛网膜下腔，骶麻可以把麻醉药注入骶管内，使患者进行手术的部位无法感觉到疼痛，手术可以顺利进行，这2种麻醉状态下，患者的意识清楚。
部分患者为比较舒适的手术需求，或者肛瘘手术通常需要保留截石体位，部分患者认为这种体位不舒服，或者比较尴尬，可以实施全身麻醉。全身麻醉之后没有意识、比较舒适，效果也比较好。因此，目前肛瘘手术采用上述麻醉方法，其中全身麻醉的情况逐渐增多。
