脑干损伤的患者初期不适合进行饮食，因为脑干区域较狭小，脑干损伤会造成患者出现较严重的意识障碍，难以配合吞咽动作。如果此时进行经口饮食，患者容易发生误吸，造成吸入性肺炎，或由于下咽功能较差，容易造成窒息，严重威胁患者生命。
脑干中有重要神经核团，如果受到损伤，患者即使意识恢复正常，也会遗留吞咽困难、饮水呛咳等症状。如果患者进行饮食，容易造成误吸，将食物呛入气道，仍会造成窒息和吸入性肺炎。
脑干损伤初期的患者，可以使用鼻饲营养液，或静脉输注营养液的方法进行治疗。患者意识情况完全恢复到正常，没有吞咽困难、饮水呛咳等症状后，饮食可以逐步过渡到正常饮食。另外可以多食用易消化的食物，以及富含优质蛋白的食物，例如蛋类、奶类，逐步过度至牛羊肉、鱼类、贝类等食物，有助于患者健康的恢复，也可以酌情食用坚果类食品，一些不饱和脂肪酸。
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