根治胆汁反流，关键在于解决病因，判断导致胃肠道功能的紊乱的原因。通常建议出现胆汁反流的患者，可以使用促进胃肠道动力的药物，如吗丁啉、654-2(山莨菪碱-2)、间苯三酚等，可以改善胃肠道动力，帮助解决胃肠功能紊乱。所以如果为胃肠本身动力的原因，导致胆汁反流，通常可以通过上述药物解决。如果为情绪因素所致的胆汁反流，需要患者适当的调理情绪，同时运动也可以帮助缓解。如跑步、游泳、跳绳、打球等体育运动，也可以有效改善胆汁反流的情况。
通常正常情况下，胆汁是通过胆管下段，再依次进入十二指肠、小肠等。如果胃十二指肠的动力或者功能紊乱，可能导致胆汁反流至胃内，造成晨起后口干、口苦，也是胆汁反流的表现。通过胃肠道的动力药物，患者胆汁反流可以得到不同程度的缓解。
