小脑梗死和其它类型脑梗死病因一致，按目前临床上广泛应用的TOAST分型，病因可以分为5大类型，分别是大动脉粥样硬化、心源性栓塞、小动脉闭塞，还有其它明确病因和不明原因型。首先最常见的是大动脉粥样硬化，根本病因是动脉粥样硬化、高龄、高血压、高脂血症、糖尿病、吸烟等，都是危险因素。
其次是心源性脑栓塞，最常见的病因是非瓣膜性心房颤动，约占心源性脑栓塞的50%。其它病因包括风湿性心脏病、急性心肌梗死、左心室血栓、充血性心力衰竭、人工心脏瓣膜、扩张型心肌病、感染性心内膜炎等。
再次是小动脉闭塞，主要病因是小动脉硬化。除常见病因，还有其它少见病因，如凝血障碍性疾病、血液成分改变，以及各种原因引起的血管炎、血管畸形等。
