小儿蛛网膜囊肿目前根据不同类型、不同手术方式，后遗症有以下几种：
1、感染，蛛网膜囊肿腹腔分流术主要通过囊肿腹腔分流管，达到治愈蛛网膜囊肿效果，并发症常见的是感染。分流管是异物对于抗生素使用无效，一旦发生感染，想达到治疗目的分流管必须得去除；
2、分流管依赖问题，是比较严重的问题，患者需要不断地从囊肿当中把水引流到腹腔，一旦分流管压力不平衡或者产生梗阻断裂，人不适应高颅压状态，所以分流管障碍目前来讲是最灾难性后果；
3、内镜造瘘造成风险：常见颅内出血，因为囊肿进行造瘘之后颅压会变低，从而导致出血。
