甲亢有很多不同原因，最常见的一种甲亢原因叫弥漫性毒性甲状腺肿。弥漫性毒性甲状腺肿在采用特殊的治疗时，可能会变成甲状腺功能减退，如弥漫性毒性甲状腺肿又简称Graves病，可能会采取药物治疗、手术治疗或者碘-131治疗，其中药物治疗一般不会引起永久性甲减，但是手术治疗和碘-131治疗都为物理性，对甲状腺的永久性破坏，可以导致甲状腺功能减退。
也有一部分甲亢并不是Graves病，叫做桥本氏甲状腺炎合并的甲亢，这种桥本氏甲状腺炎其中除了有刺激甲状腺细胞增生和激素分泌的抗体，还有抑制甲状腺细胞和抑制甲状腺激素分泌的抗体，叫甲状腺阻断抗体。在刺激性抗体占优势时，表现为甲亢，但是在阻断性抗体占优势时，又变成了甲减。所以桥本氏甲状腺炎的患者既可以甲亢也可以甲减，有一部分甲亢患者可能转化成甲状腺功能减退。
