性别重置手术后遗症分为两类，包括男变女或者是女变男。男变女的性别重置手术内容包括有阴茎、阴囊的切除，还有阴道的再造，然后还有隆胸手术和面部的男性女性化手术，以及喉结手术。每项手术项目都具有相应的风险和并发症，比如阴茎、阴囊下体手术，就是阴茎、阴囊切除和阴道再造的并发症。首先是阴道再造，需要提取自身的一些组织进行造穴以后做出阴道，自身组织可以选择的有切除的阴茎、阴囊皮，也可以选择结肠组织。使用阴茎、阴囊皮，可能出现的并发症是阴道的长度、宽度不够，或者是出现术后的挛缩、阴道口的狭窄，甚至会有感染坏死的风险。也可以使用结肠代替阴道的方法，相应的并发症可能有局部肠段的坏死或者感染，同时使用肠道做出的阴道，通常会有气味，可能需要定期清洗。但是相对的挛缩和挛缩的狭窄机会较少。与阴茎阴囊皮做出的阴道相比，相应的长度和宽度相对比较足够。

对于其它的并发症，比如隆胸手术的并发症，可以通过假体隆胸或者是自体脂肪的隆胸实现。假体隆胸可能会具有移位、假体感染，或者是包膜挛缩等并发症，使用自体脂肪填充，也可能会有脂肪存活不良，或者是局部产生硬结、左右不对称的并发症。