咳嗽的时候头疼，原因比较多，具体原因如下：

1、常见的原因是因为咳嗽，所引起的血压波动，造成头部的血管扩张。身体在咳嗽的时候，胸腔的压力会剧烈增加，这种剧烈增加的胸腔压力，就会挤压肺内的大血管，造成心脏输出的血压，就会出现一定的波动；

2、部分体质比较敏感的人，对于这种血压波动，会造成相应比较敏感的不适感。比如血压波动之后，通常会通过颈内动脉的途径，而传播到大脑内部，这种压力的波动，就造成了头部的血管扩张和血管舒张，引起波动的不适感，导致出现咳嗽的时候头痛；

3、还有一部分人，从中医角度来讲，这种咳嗽的时候是因为肝火所导致。这种肝火的咳嗽来讲，在出现咳嗽的时候，就可能会沿着胆经的循行部位，从颈部的侧面到耳朵的前后，以及头部的两侧头部的分布部位。胆火上升引起肺气上逆，就有可能造成头部两侧的偏头痛，这也是咳嗽所引起头痛，一种可能的原因。总之对于咳嗽所引发的疼痛，在临床治疗当中，可以根据头痛的部位，比如前额的部位属阳明，侧面属少阳，后面一般属太阳经，巅顶一般属于肝经。通过不同的头痛部位，辨别相应的脏腑经络，从这个角度进行脏腑进行调节和治疗。