头脑里面囊肿并不是十分危险，多数患者的头部囊肿处于稳定状态，是先天性囊肿，在后天过程中可能会逐渐增大而引起症状，但增大速度较缓慢，症状会逐渐加重。若患者的囊肿体积保持稳定，较长时间不增大且未引起症状，则无需进行特别干预及治疗，进行定期临床随访观察以及神经影像学复查即可。若患者存在体积较小的头部松果体囊肿或未引起症状的蛛网膜囊肿，通常可以采取定期观察的方法进行处理。
若患者囊肿体积较大且引起症状，如桥小脑角区表皮上囊肿引起面部疼痛、麻木以及头疼、头晕等症状，或垂体区Rathke囊肿使患者出现垂体功能障碍、视力障碍等情况，则需要通过神经外科手术处理。患者通常会进行微创手术，对全身功能的影响较小，手术处理较安全且预后较良好。因此头脑囊肿通常并非过于严重，若引起症状，患者应及时到神经外科进行手术治疗。若并无症状，则可进行临床随访观察。
