CT检查没有绝对的禁忌症，各个部位各种病变，都可以通过CT检查方式进行诊断，如头颅神经系统，可以CT检查是否有脑梗塞、脑出血、脑肿瘤，腹部的检查、盆腔检查以及颈椎、胸椎、腰椎等，都可以通过CT检查病变，没有哪一项CT是不能做，只是哪一项CT做比较有优势，哪一项CT不具有优势。如颅底检查，因为颅底颅骨伪影，CT检查远不如核磁共振。
另外，膝关节检查，半月板病变、韧带病变也不如核磁共振。CT检查优势主要是对肺部以及肝胆、胰脾、肾脏肿瘤性病变非常有优势。CT检查平时做CT平扫、CT增强、CT血管成像，CT还可以做成脑灌注成像，对于不同疾病，一般选择不同检查方法，如颅内肿瘤通常选择CT增强检查，肺部肿瘤、肺部炎症一般做肺部平扫检查就可以。
