核磁共振机器非常先进，能做很多部位检查，如颅脑病变、颈椎病，都可通过核磁共振获得信息。核磁共振检查不但可以看出颅脑或者颈椎椎间盘有没有病变，还可以看到有没有骨质增生、有没有伴有血管受压等。另外，核磁共振还可看到椎管内脊髓有没有病变，以及是不是伴有脊髓空洞、脊髓炎、脊髓变性以及脊髓肿瘤等。所以神经系统病变，颅脑、颈椎、腰椎检查，都要用到核磁共振。
颅脑里通常会发现缺血病变，早期缺血CT做不到定性、定量诊断，核磁共振检查一次检查可以明确有没有急性脑梗塞，特别是超急性期脑梗塞，核磁检查最有优势。核磁共振检查第二个优势是看关节病变，如有没有半月板撕裂、半月板损伤、有没有韧带损伤，这些检查CT替代不了，必须用核磁共振检查。对部分子宫内膜病变、前列腺病变，CT不如核磁共振检查，一般也首选核磁共振。
