幽门螺杆菌感染的治疗主要通过规范的药物治疗，即四联疗法，目前最主流的一线治疗方案就是指南推荐的四联治疗，四联治疗是四种药物同时应用，疗程10-14天。四种药物包括两种抗生素，一种抑制胃酸的药，一种黏膜保护剂，通常用铋剂，铋剂具有一定的抑制幽门螺杆菌的作用。
两种抗生素联合使用，因为幽门螺杆菌相对根除难度较大，两种抗生素联用才能有效杀灭幽门螺杆菌。另外还可以用一种抑制胃酸的药，以保证胃内低酸环境，从而保证抗生素能够有效发挥作用。在四联疗法过程中确实会有一些不良反应，如恶心、大便发黑、大便变稀，是很难避免的现象。
如果选择治疗幽门螺杆菌，在开始治疗以后切勿轻易放弃用药以及轻易停药，如果反复轻易停药，反而可能增加幽门螺杆菌耐药的可能性，将来再杀会更难杀掉。因此只要决定开始治疗，对于轻微不良反应建议坚持，完成疗程后再给予停药即可。
