所有的手术存在一定程度的风险或并发症。蛛网膜囊肿内镜手术的主要风险在于感染。因为微创也需要切骨窗才能达到脑组织内，可能会有感染的可能性，可能会引起硬膜下积液，或者皮下积液等情况的发生。
蛛网膜囊肿是颅内由蛛网膜包绕脑脊液形成的囊性病变，通常情况下患者没有临床症状，90%以上的病人也无需进行特殊处理。但是假如出现囊肿进行性增大，或囊肿压迫脑组织、神经、血管引起一系列的症状，或者出现脑积水等情况，这时可能需要进行外科手术处理。
内镜手术是目前比较热门的手术方式，能够将囊壁与正常脑池打通，使囊内液体参与到正常的脑脊液循环，从而能达到使囊肿缩小甚至逐渐消失的目的。手术目前在国内或者国际的安全性比较高，成功率大概能达到90%以上。
