肾囊肿一般不会自愈，肾囊肿通常是膨大肾小管的憩室，这种憩室不断膨大后就形成了肾囊肿，这是肾囊肿的形成过程。
肾囊肿形成后一般有3个结局，即维持相对稳定、不再继续增大或者不再快速增大；缓慢长大；肾囊肿可能会合并有出血、感染，里面有钙化，或者形成结石等。
对于维持相对不变的肾囊肿，可以不予以处理；对于缓慢增大的肾囊肿，主要是要明确其增大的快慢、程度，另外有没有压迫等；对于囊内有出血、感染、钙化的肾囊肿，也要定期观察，如果有明显的感染，病人出现发热等症状，这时可能还要给予病人抗感染治疗。
对于单纯性的肾囊肿，通常处理原则是如果单侧＜3个、大小＜5cm，向外生长的肾囊肿，一般不给予特殊治疗，就是临床观察；如果肾囊肿长得较大或者向内生长，可能会压迫到肾脏的组织，这时通常要求给予外科处理。
