核磁共振是所有影像检查中用时最长的检查，一般在15-20分钟，根据检查部位，以及选用核磁共振检查序列不同，时间也会相应波动，有可能一次检查需要30分钟，如头颅核磁共振检查，大部分15分钟左右可以完成，如果要做肝脏、胆囊、胰腺、脾脏等腹部实质性脏器核磁共振检查，需要时间可能比较长。核磁共振检查也分平扫以及增强扫描，平扫相对简单，一般选4-5个序列可以解决基本问题。
碰到复杂疾病，如肿瘤性病变，在定性困难的情况下，需要做核磁共振增强检查，时间比较长。首先需要空腹，再进行静脉穿刺，穿刺是为引入造影剂。在检查时选择序列也较多，同时还会选择不同部位多方位、多角度显示病变，对肿瘤性病变甚至有时需要做大范围核磁共振检查，目的是排除肿瘤是否有其它地方累及以及转移，用时一般也在30-40分钟。
