醋酸氯己定主要具有消毒防腐的作用，是一个阳离子表面活性剂，具有比较广谱的杀菌作用，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌以及白色念珠菌等常见病原菌都具有杀菌作用，醋酸氯己定对芽孢和病毒没有杀菌效果。
醋酸氯己主要作为一个外用的消毒防腐剂，可以用于皮肤消毒，也可以用于器械表面的消毒。除此之外，醋酸氯己定也有复方制剂的含漱液可以用于口腔消毒。需要注意的是，高浓度醋酸氯己定对黏膜具有比较强的刺激性。
另外，醋酸氯己定不能够与阴离子表面活性剂相配伍，也不能够和碘酊同时使用，因为阴离子表面活性剂或碘酊都可能会使醋酸氯己定发生变性反应。
