肝内胆管结石可能会癌变，因为肝内胆管结石属于肝内胆管癌的一个高危因素，但是具体也要看个体的遗传因素，以及致癌因素的严重性。
针对有遗传因素存在的情况下，癌变的概率通常会有所增加。如果致癌因素比较强，比如肝内胆管结石反复引起炎症发作，刺激胆囊壁，导致胆囊壁异常增生、增厚，这种情况下致癌的因素会加大。
此外，包括引起肝内脓肿，或者反复肝内胆管结石刺激的情况下，会引起肝脏局部萎缩，而萎缩性肝脏是癌变的一个重要基础。肝内胆管结石如果没有任何症状，结石的数量也比较少，可以先观察。
但如果反复引起症状，包括发热、畏冷、寒战等胆道感染的症状，或者引起肝脏萎缩，这些情况都需要及早进行手术治疗，特别是针对局部的萎缩肝脏进行切除，能够有效预防后期，出现其他异常病变的可能性。
