巴曲酶并不常规用于脑梗死患者，应用的时间通常是在急性期或亚急性期，慢性期没有特别大的意义，只有纤维蛋白酶原亢进或突发性耳聋的患者使用巴曲酶，有一定的证据和指南，其他的疾病并没有。巴曲酶是一种降纤酶，主要起到控制纤溶酶原的亢进的药理作用。巴曲酶治疗脑梗死的历史很久，在10-20年前，该药物被认为是治疗脑梗死的特效药常规使用。但在21世纪的现在，新版的脑血管病的指南里已经明确指出，不应常规使用降纤药物，如巴曲酶治疗脑梗死。

除非脑梗死患者有特殊情况，伴有严重的纤维蛋白酶原亢进，及查凝血指标，如凝血4项或6项，可以检测到有严重的纤维蛋白酶原亢进和激活，此时可以应用巴曲酶。巴曲酶并非常规药物，首选药物还是溶栓药以及溶栓药后，抗血管聚集的药物，以及他汀类药物和开放侧支改善循环的药物，巴曲酶只用在特殊情况下。还有一种特殊类型的血管事件，名为突发性耳聋，推测可能是由于内心动脉闭塞，突然听不见东西或有时还伴有眩晕，此时如果无禁忌证，可以选择用巴曲酶进行降纤治疗，有部分患者能够获得一定的收益。