肾囊肿隐隐作痛，需要找到原因，给予相应的对因治疗，疼痛严重时可以给予对症治疗。首先需要根据肾囊肿出现疼痛的原因，针对病因进行治疗，具体如下：

1、囊肿牵拉其他部位：囊肿比较大，这时可能会牵拉肾脏包膜，或者牵拉，即压迫到肾盂时，这时病人会感觉到肾盂隐痛。通常会要求病人做肾脏超声，看囊肿的生长程度，如果大到一定程度可以给予穿刺、抽囊液、打固化剂，或者是给病人进行囊肿的去顶减压术，甚至有时部分复杂囊肿考虑进行肾脏的切除术；

2、囊肿囊内有出血或者感染：也会感觉到这种疼痛，这时针对出血和感染进行治疗，看是否需要使用抗菌素等，治疗以后，病人疼痛感可以逐渐消退；

3、发展为复杂囊肿：有时肾囊肿会发展成复杂囊肿，复杂囊肿囊内可能有分隔、钙化、出血、感染等情况，甚至囊内会有一些新生物的形成，这时要注意排除囊性肾癌的可能，一般选择手术切除进行。

以上内容是肾囊肿隐隐作痛的常见治疗思路。