严重的碘缺乏对个体的危害，最重要的是神经系统损伤，可使后代的智力受到严重影响。碘是甲状腺合成甲状腺激素的原料，如果碘缺乏，甲状腺合成甲状腺激素就会减少，甲状腺激素调节人体的新陈代谢和神经系统，特别是和大脑的发育密切相关，而且甲状腺激素能促进骨骼成长，甲状腺激素缺乏以后可能造成神经系统，包括骨骼发育受到严重的危害。
严重的碘缺乏造成人体最大的危害，是胎儿和新生儿大脑发育的严重损害，可以出现智力下降，也称呆小症，不仅神经系统发育受影响，骨骼也可以出现明显的发育受阻，出现明显的矮小。在成年人，严重的碘缺乏也有可能造成严重的危害，比如出现代谢减慢、怕冷、浮肿、记忆力下降，甚至出现心脏损伤、心包积液、心功能不全，严重影响患者的生活质量，可以通过食盐加碘，来有效预防严重的碘缺乏。
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