肝后型门静脉高压是因为肝后静脉或下腔静脉等异常压力增高而导致，包括布加综合征、缩窄性心包炎、右心衰竭，或者因为心脏瓣膜病变而引起的肝脏出口静脉压力增高，从而引起肝后型门静脉高压。肝脏有两套入肝血流，一套出肝血流，其中出肝血流即肝静脉，汇合到腔静脉，再由腔静脉直接汇入心房。
出肝部分血流出现异常，比如布加综合征的肝后腔静脉狭窄、肝后静脉狭窄或者心脏功能不全，导致回心压力增高，都会引起回流出现障碍。血液回流出现障碍会导致肝淤血，入肝血流也会出现压力增高，入肝血流主要是门静脉、肝动脉，入肝血流压力增高会导致门静脉压力增高，门静脉压力增高会出现一系列相关并发症，所以肝后型门脉高压症的病因是肝后回流出现障碍。
