艾灸和针刺各有各的特长，适应证、擅长主治范围各不一样。艾灸主要用于阳虚或者寒湿的患者，对阳虚、寒湿的患者，艾灸效果比针刺效果好。如寒湿引起痛经，艾灸效果会更加明显。还有肾阳虚引起的阳痿、早泄，可以用艾灸，效果也比针刺效果好。
艾灸经常用于保健治疗，如长期胃虚寒、肾阳不足。还有容易感冒、容易反复发热、咳嗽、老慢支，这些慢性疾病是阳气不足引起，可以进行进行艾灸保健治疗，效果比针刺效果要好。
针刺有治疗范围，主要疏通经络、调节气血、平衡阴阳，所以针刺的治疗范围更广。可以用于神经系统损伤和神经痛，像周围神经损伤、面瘫、耳鸣、耳聋，像桡神经损伤是格林-巴利，这些周围神经损伤、中枢神经损伤、偏瘫、截瘫都可以用针刺进行治疗。
