幽门螺杆菌感染在彻底根除以后，实际上真正的复发率并不高。现在进行很多临床感染以后病人的再随访、再观察显示，在国家人群感染背景相对比较高的状态下，幽门螺杆菌在根除以后，年再复发率只有4%-5%。感染根除了以后，1年大概有4%-5%的病人会出现复发。但是累计复发率临床还需要重视，随着年的增加，过了5年以后可能复发率会有百分之十几。
所以根除幽门螺杆菌只要没有禁忌症的情况下，要尽量发现幽门螺杆菌感染，尽量根除，这也是减少人群里面幽门螺杆菌感染的基数，减少人群之间交叉感染，也会降低复发率。另外，在临床见到幽门螺杆菌根除以后，很短期病人又复发，这时不是幽门螺杆菌复发，而是幽门螺杆菌并没有根除，可能当时只是假阴性的结果。
