对于上呼吸道感染反复发烧的患者，如果是细菌感染，出现明显高热、化脓时，应给予有效的抗生素进行治疗，可以缩短病程。患者经过有效抗生素治疗，通常在48-72小时会有明显退热效果，并且疗程无需较长。如果患者存在病毒感染，暂无特效药治疗，主要是采取对症治疗，机体与病毒斗争的过程中会产生针对病毒的抗体。病毒感染大部分存在自限性，不经治疗也可好转。
另外，细菌感染常见的是急性化脓性扁桃体炎，并且上呼吸道可以正常定植的细菌包括溶血性链球菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌。上呼吸道主要包括鼻部、咽部和喉部，发生感染指上呼吸道发生的炎症反应，大部分是由病毒感染引起，病毒感染的比例大概占70%-80%，少部分由细菌感染引起，占20%-30%。通常由细菌感染引起可单独发病，也可以是病毒感染之后继发细菌感染。
