脚趾根部疼痛的原因较多，包括关节问题、软组织问题、代谢问题等，具体如下：

1、关节问题：拇趾、掌趾关节出问题，如关节增生、退变产生脚趾根部疼痛，此关节出问题可引起脚趾根部疼痛；

2、软组织问题：如足底跟垫炎，可造成脚底疼痛，甚至脚趾根部疼痛；

3、代谢问题：如痛风，发作时痛风石在掌趾关节部位沉积，引发局部组织炎症，导致脚趾根部疼痛；

4、风湿问题：风湿造成脚趾关节发炎，引起根部疼痛。