胃镜和肠镜都存在些许不适感，但大部分患者都能耐受，具体如下：
1、胃镜检查：普通的胃镜检查，会采用咽部局部的麻醉，不会觉得疼，但可能会有恶心的感觉，主要是因为胃镜通过咽部，产生了咽反射；
2、肠镜检查：做肠镜检查时，需要向肠腔内注气，使肠腔展开，以便更好地观察病变，因此可能会觉得腹部胀气，但在做完肠镜检查后，会把肠腔内多余的气体吸走，大部分患者不会感觉到明显的腹胀。同时在检查期间，肠镜在肠道内可能会拐弯，出现牵扯痛。
目前无痛的胃肠镜发展得非常成熟，是指在静脉麻醉下做胃肠镜检查，静脉输入像丙泊酚之类的镇静助眠药物，可以在无痛的状态下完成胃肠镜检查。
