小便时尿道痛可能是尿路感染引起，也可能是尿道结石引起。尿路感染主要的治疗方法是抗生素药物治疗，包括静脉输液、口服抗生素。一般常用的口服抗生素包括喹诺酮类药物，比如左氧氟沙星，还有第二代、第三代头孢菌素类药物，比如头孢丙烯、头孢克肟，这些对泌尿系感染的治疗效果都很好。
通常急慢性的、细菌性的膀胱炎、尿道炎，都可以导致尿痛，以尿频、尿急、尿痛、血尿、排尿后尿不尽以及尿道烧灼感等症状为主，也可以伴有下腹部不适。淋球菌性尿道炎的尿痛一般是针刺样疼痛，也可以伴有尿道脓性分泌物、尿道口红肿、发痒等症状，这些症状都可以经过上述药物治疗得到缓解以及治愈。
此外，患者还应注意多喝水、勤排尿、戒烟酒，避免辛辣刺激食物，经过抗感染治疗、对症治疗，尿痛症状一般都能得到缓解或者恢复正常。如果出现尿道结石，就需要从尿道口注入石蜡油，就像挤牛奶一样，将结石挤出体外，不过这些需要专科医师来操作，切勿自行处理，以免损伤尿道。
