甲钴胺不建议长期服用，有一定副作用，它是内源性维生素B12，即辅酶B12，是临床中人体内唯一具有金属元素的B12。由于辅酶存在，使维生素B12更易进入神经组织，可以促进神经传递性，同时甲钴胺能够促进卵磷脂合成和神经髓鞘形成。甲钴胺在临床上广泛用于各种神经炎性病变，如糖尿病周围神经病变以及青光眼引起的视神经萎缩，同时甲钴胺可以用于治疗巨幼细胞性贫血等。
但长期口服甲钴胺可以出现过敏反应，患者会出现皮疹、面色红肿等。部分患者口服甲钴胺后，会出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等症状，少数患者会出现周围性水肿或者低血压性晕厥等，所以甲钴胺不建议长期口服。严重时可出现低血钾、高尿酸血症等症状，诱发痛风患者的痛风发作。对于长期接触汞的患者，不建议口服甲钴胺，因为甲钴胺会与汞产生化学反应。
