磁共振目前是放射科最重要检查的设备，也非常先进，除了肺部疾病以外可以用于全身的各种系统检查。首先是脑部病变，如脑梗死、脑出血、脑血管畸形、脑内肿瘤、脑发育异常等，还有脑内感染。颈部淋巴结病变，还有鼻咽部病变等。
腹部主要用于上腹部肝、胆、胰、脾的病变鉴别，特别是良、恶性的病变鉴别。盆腔里面特别是男性前列腺癌，只有磁共振能够明确进行诊断。妇科可以用于卵巢的肿瘤、卵巢囊肿、卵巢感染，还有子宫宫颈癌、平滑肌瘤，还有子宫内膜异位症等。还有用于脊柱病变，包括脊髓病变，关节韧带、关节肌腱，还有半月板、软骨病变都可以用磁共振检查。所以磁共振用途非常广泛，全身除了肺部病变以外基本都可以检查。
