阴囊疼痛时需明确原因，对于过敏或湿疹引起的阴囊疼痛，需对症处理，进行脱敏治疗，可用抗过敏的抗组胺药物，或用保持局部创面干净的药物。如果阴囊本身没有病变，是其他部位疼痛放射至阴囊引起，如结石，则需有目的地对结石进行排石、解痉止痛治疗。
阴囊痛多由阴囊本身病变导致，包括炎症，如睾丸炎波及阴囊时可引起阴囊炎。此时阴囊痛首选喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星、左氧氟沙星，也可选择治疗球菌的抗生素，如头孢类或大环内酯类抗生素。在没有得到细菌培养结果前，根据经验大多是大肠埃希氏菌感染引起，首选喹诺酮类抗生素。
未得到细菌培养结果前，医生一般根据经验用药，也可给予患者使用头孢类抗生素，如头孢他啶、头孢呋辛等。对于有前列腺炎合并附睾炎的患者，可同时给予中药或中成药，达到清热解毒、利湿通淋的效果，对改善局部血液循环有所帮助。
