CT用X线进行成像，X线有辐射，是电离辐射，头部CT就本身辐射剂量并不太大，但是X线电离辐射对于人体影响有累积效应、随机效应。
累积效应是达到一定量之后，人体会出现一些反应，头部CT一次检查量远远达不到。随机效应是有一些器官或者人群对辐射特别敏感，比如头部的眼睛，所以在做头部CT包括其它部位CT的时候，一般会做保护，尽量不让射线辐射眼睛、甲状腺、腺体敏感器官。
另外，对孕妇或者儿童来讲，尽量减少CT检查，因为对于孕妇来讲可能影响到胎儿发育。对于儿童来讲，CT辐射可能对以后肿瘤发生有关系。目前文献报道如此。
