针对霉菌性食道炎并无特效药，但是有特殊治疗药物，主要指抗真菌药。霉菌即为真菌，可以进行抗真菌药、保护黏膜药、适当抑制胃酸药、增强全身抵抗力等治疗，具体内容如下：
1、抗真菌药：如制霉素、制霉菌素，其它较高级抗真菌药，如大扶康，同样可以服用，为较常用的霉菌性食道炎药物；
2、保护黏膜药物：除抗霉菌药外，还包括保护黏膜治疗，如铝镁加混悬液等，此种药物可以在食道表面起到保护膜作用，也可以用于治疗霉菌性食道炎；
3、抑酸药：避免胃酸进一步刺激食管，药效不宜过强，少量抑酸药即可；
4、增强全身抵抗力：霉菌性食道炎较多与全身抵抗力下降有关，需要加强锻炼，增强抵抗力，此措施较重要。
