一般藿香正气水不用于治疗咳嗽，但有时可能会在咳嗽的治疗上配伍应用。藿香正气水主要有芳香、化浊、祛暑、祛湿、和胃健脾的作用，有一定的止泻、止呕的作用，所以经常在暑湿感冒，或者一般胃肠型感冒时应用。
藿香正气水以燥湿、偏温性的成分为主，如果在风寒咳嗽或寒湿咳嗽时没有其他特别合适的健脾药，或者燥湿化痰药的时候，可以用藿香正气水配合使用，但是一定要注意不能有热象。
因为藿香正气偏温、偏燥，可化湿浊、芳香开窍，如果病人有热证，比如嗓子疼、有黄痰，用藿香正气水不合适。
但是如果要是那种稀白痰、痰湿不净、流稀鼻涕时，其实可以配伍应用藿香正气水，但是一定要有针对咳嗽的正治的方式。
因为藿香入中焦的会更多，然后在发表的时候也是祛湿、祛暑这方面较多，真正的通力肺气这方面还是不足。比如要是热性的可以配羚羊清肺，寒性配通宣理肺，这样会比较好。
