肌肉酸痛伴有发烧，一般情况下可能有三个原因，具体如下：

1、流感或严重感冒：患者会出现全身的高热、寒战，因此会出现肌肉的酸痛且伴有发烧。患者可以口服感冒药，例如泰诺、康泰克等等。大多数的患者经过5-7天左右，症状就可以获得明显的缓解；

2、肌肉局部感染：严重时会出现全身发烧，这种情况主要见于严重的糖尿病患者或由于治疗自身免疫性疾病，而需要口服激素的患者。这些患者存在免疫力下降的问题，因此下肢或肌肉的小切口，就可能引起感染，从而导致肌肉的化脓性感染，患者也会出现肌肉局部的疼痛，伴有全身的发烧等等。一般情况下，患者需要进行抗感染的治疗，可能需要将这些脓液进行彻底地清除，严重时需要进行手术；

3、风湿或类风湿疾病：包括类风湿性关节炎、红斑狼疮、皮肌炎等自身免疫性疾病，也会出现全身肌肉的酸痛或伴有发烧的症状。这种情况下，患者应该去风湿免疫科就诊，需要进行抽血化验才能明确诊断，一般而言需要长期口服药物进行治疗。