穿支动脉病变的损害特点，与主干病变以及皮层支病变不同。通常穿支病变的临床症状较轻微，患者可能有轻偏瘫、轻度感觉障碍、轻症的偏盲，还有部分患者有较轻的共济失调、走路不稳、饮水发呛以及轻度嗜睡。
穿支病变通常破坏的结构相对范围不大，为小血管病，梗死面积较小，症状较轻。而大动脉闭塞、主干病变、皮层支损害的症状相对较重，除瘫痪外，还伴有凝视，眼睛往一边看，偏瘫、失语或者很严重的瘫痪。当然，也不是所有的穿支病变都特别轻，有一种特殊类型叫做关键部位梗死。如果穿支病变在内囊后肢发生，即管理肢体运动的皮质脊髓束的走行处出现病变，则瘫痪较重。
