输血小板的不良反应与其他血液制剂相类似，都会面临输血传播性感染，以及输血非传播性感染不良反应。输血传播性感染主要是一个病毒性肝炎，比如乙肝、丙肝，还有艾滋、梅毒、巨细胞病毒、EB病毒。
输血小板的非感染性的反应，包括过敏反应、发热性非溶血性输血反应、溶血性输血反应、输血相关循环负荷过重、输血相关急性肺损伤、输血相关呼吸困难、输血后紫癜、空气栓塞等。
血小板相对于其他血液制剂来说，由于它是22℃±2℃震荡保存，所以保存温度较高，更容易发生细菌污染及菌血症。此外，非溶血性发热反应以及过敏反应，在输血小板中可能也略高于其他的血液制剂。
最后就是输血小板，可能反复多次输注，有可能发生血小板输注无效，以及输血后紫癜。对于需要长期输注血小板的血液病患者，是最棘手的问题，可能需要将血小板进行特殊的交叉配血，才能寻找相合的血小板输注。
