对于肝内胆管结石，大部分患者需要通过手术取出结石，如果结石直径超过一公分，或者结石直径小于一公分，但结石多发并且出现胆道梗阻表现，需要通过手术治疗解决问题；若胆管结石直径小于一公分，同时患者没有胆道梗阻表现，认为可以密切观察病情发展，也可先尝试口服熊去氧胆酸等消炎利胆类药物进行治疗，部分患者可以排出结石。
手术方法包括内镜下胆道取石，此方法简单易行，患者恢复快，为老年患者首选手术方法。还有传统开腹手术取出胆道结石，此方法因为患者创伤比较大，目前已逐步减少使用。目前最为流行方法是腹腔镜下微创胆道手术，此方法已成为常规肝内胆管结石手术方法，对于患者创伤小、恢复快，优势明显。
