门静脉血栓的临床表现取决于门静脉血栓的形成快慢，有急性形成的门静脉血栓和缓慢形成的门静脉血栓：
一、急性形成的门静脉血栓：
合并肠系膜的血栓，导致严重的致死性的病变，大量的血流在瞬间被终止，可能会引起急性肝衰，包括急性的肠系膜回流静脉障碍，从而导致致死性的病变。
二、缓慢形成的门静脉血栓：
1、肝硬化或肝萎缩：门静脉中大量的血流进入肝脏，用于营养肝脏，门静脉血栓会导致血流中断，导致缺血性的肝坏死。坏死后异常残余的肝细胞增生，导致肝硬化的发生，也有可能导致肝脏区域性的血流供应终止，出现肝脏萎缩；
2、门静脉压力升高：门静脉压力升高会导致相关的异常表现，最常见的是侧支循环开放、食管胃底静脉曲张，严重时会引起呕血、便血。也容易导致脾肿大、脾功能亢进以及大量的腹水。
