包皮龟头炎危害要根据短期和长期而定。短期感染可引起局部疼痛，特殊病菌如霉菌、支原体、衣原体、疱疹病毒等，有较强传染性，可能引起其他人传染。长期反复出现包皮龟头炎，可导致包皮跟龟头明显粘连，包皮口变狭窄，甚至引起排尿困难，还可导致慢性前列腺炎、尿道炎和膀胱炎，甚至有些人引起肾盂肾炎。部分患者可能引起局部皮肤感觉改变，出现继发性早泄。还有些人因病毒感染，比如乳头瘤病毒感染，引起包皮龟头炎，可明显增加男性患阴茎癌和女性患宫颈癌机会。反复包皮龟头炎，建议必须治疗。
包皮龟头炎对某些病人要注意，比如前列腺炎病人甚至前列腺增生病人，可能和包皮龟头炎有关。前列腺增生病人因反复炎症刺激，通过尿道就可引起前列腺局部反复炎症，炎症刺激久，前列腺可反复感染，引起局部增生，出现前列腺增生表现。
