全麻支气管镜检查有一定风险，主要是因为麻醉药会抑制呼吸，一般通过静脉点滴给药，在保证病人能够自主呼吸的前提下，进行气管镜检查，同时共用气道。因为它要从口腔或者鼻腔下管到气管做检查或治疗，在下管过程中会引起气道自主收缩，同时会造成通气功能障碍，加上麻醉药影响，可能术中的最大风险就是术中低氧血症的发生。
进行支气管镜检查的过程中，会有呼吸、血压等生命体征的监测，如果出现症状都能提前察觉，有预防措施。虽然如此，术中气道风险较大，尤其是气道狭窄、气道肿瘤的病人术中一定要特别小心，术前要和病人交代好。
但是如果这类病人不做麻醉，清醒状态下进行气管镜检查，会很难受，病人耐受度也会很差，甚至无法进行，所以还是建议在全麻下进行气管镜检查或者治疗。
