男性肾结石的治疗方案与结石位置、大小及成分有关。如果结石<0.6cm，通过多饮水、多运动可以自行排出。如果结石>0.6cm，且形成输尿管梗阻，造成肾积水，可以通过体外震波碎石的办法，以及体内碎石的办法，将结石爆破后再排出体外。针对特殊结石成分的结石，可以通过相应的药物进行溶石和排石的治疗。
肾结石的形成主要是尿液过度浓缩后形成结石团块，尿液在排泄过程中，结石团块堵住输尿管等各个部位，造成相应症状，出现单侧腰部疼痛、不适，甚至伴有尿频、尿急、血尿、发热、寒战等全身炎症反应。针对较大的结石，可以采取体外震波碎石的办法，即将超声波聚焦在体内的一个点上，将结石进行体外爆破。针对部分体外爆破盲区，可以通过输尿管内镜的方式，从尿道口进入尿道等处，将结石用激光进行体内爆破再排出体外，同时要多饮水、多排尿，促进结石排泄。
